한국행정연구원 노조(민주노총 산하 공공운수조합노조 지부)는 2009년 12월 임시총회를 개최하여 2010년 1월 한국행정연구원 노조의 자진해산을 만장일치로 결의하였으며, 총회결과를 민주노총산하 공공운수조합노조에 통보하였다.
한국행정연구원 노조는 2009년 11월 새로 부임한 박응격 원장이 노사화합을 위한 새로운 환경조성을 약속함에 따라, 향후 노사협의회의 활성화를 통해 노사간의 문제를 해결하기로 하였다. 이로써 한국행정연구원은 이명박 정부 출범 이후 노조를 자진해산한 최초의 국책연구기관이 되었다.